在宿命的相逢之後,佐佐木小次郎(鶴田浩二飾)苦練劍術,一心想打敗宮本武藏(三船敏郎飾)。小次郎來到江戶期間與武藏邂逅,兩人約定東門決鬥。但是在決鬥前夜,武藏致信請求將決鬥延期一年。次日武藏和城太郎、熊五郎旅行來至鄉下,師徒三人一面鋤地耕作,一面教習農民武藝,抵抗土匪。這期間阿通(八千草薰飾)和朱實(岡田茉莉子飾)先後來此尋找武藏,朱實更在匪亂中不幸喪命。一年後,小次郎成為細川家臣,巖流島將成為他和武藏的命運轉折點…